Pada zaman Belanda ada salah satu institusi di daerah pelabuhan dengan nama Heven arts dibawah Haven Master(Departemen Perhubungan) pada tahun 1911 – 1950. Tujuan dari Heven Arts adalah untuk mencegah masuk dan keluarnya penyakit karantina ke Indonesia melaui pelabuhan laut. Dengan terbitnya Undang-undang No. 1 tahun 1962 tentang Karantina Laut, Heven Arts menjadi perangkat Departemen Kesehatan, dengan organisasinya disebut Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut (DKPL). Dengan diterbitkannya Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 147/Menkes/IV/SK/1978, maka organisasi DKPL ada perubahan nama organisasinya menjadi Kantor Kesehatan Pelabuhan.
Hingga tahun 2008 dengan diterbitkannya Permenkes No 356/MENKES/PER/IV/2008 dan telah diperbaharui dengan Permenkes Nomor 2348/Menkes/Per/XI/2011 yang menyatakan bahwa KKP adalah unit pelaksana teknis Ditjen P2P Kemenkes RI, yang mempunyai tugas pokok untuk mencegah masuk dan keluarnya penyakit, penyakit potensial wabah, surveilan epidemologi, kekarantinaan, pengendalian dampak risiko lingkungan, pelayanan kesehatan, pengawasan OMKABA serta pengamanan terhadap penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali, bioterorisme, unsur biologi, kimia dan pengamanan radiasi di wilayah kerja pelabuhan. bandara dan pos lintas batas.
Dari klasifikasi yang ada terbagi menjadi 4 kelas yaitu KKP Kelas I, KKP Kelas II dan KKP Kelas III dan kelas IV. KKP Kelas I Tanjung Priok dipimpin oleh seorang Kepala Kantor serta membawahi 3 bidang yaitu Bidang Pengendalian Karantina dan Surveilans Epidemiologi, Bidang Pengendalian Risiko Lingkungan, Bidang Upaya Kesehatan dan Lintas Wilayah Serta 1 Bagian Tata Usaha.
Sesuai dengan peraturan Menteri Kesehatan tersebut KKP Kelas I Tanjung Priok mempunyai 5 (lima) Wilayah Kerja yaitu:
- Pelabuhan Laut Sunda Kelapa dan Pantai Marina Ancol
- Pelabuhan Samudra Muara Baru
- Pelabuhan Laut Marunda
- Pelabuhan Laut Kali Baru
- Pelabuhan Laut Muara Angke dan Pantai Mutiara.
